El 18 de septiembre de 1240, fecha anterior a la de la conquista de la zona, Jaime I de Aragón donaba la villa de Muro a un musulmán de Játiva: Çalema Hoto. Tras apoderarse del valle, muchos señores de los que formaban las huestes del Conquistador fueron favorecidos con posesiones en el lugar.
4.407 / 5.000
El 18 de setembre de 1240, data anterior a la de la conquesta de la zona, Jaume I d’Aragó donava la vila de Muro a un musulmà de Xàtiva: Çalema Hoto. Després d’apoderar-se de la vall, molts senyors dels que formaven les hosts del Conqueridor van ser afavorits amb possessions al lloc. El 1291, el rei Jaume II va elevar Roger de Lauria a la categoria de senyor feudal del regne de València amb la donació de la vila de Cocentaina i les seves alqueries, entre les quals figurava el lloc de Muro. El senyoriu va anar passant per les mans de les cases de Lauria, Jérica i de la reial d’Aragó. El Rei Alfons el Magnànim va vendre la vila i baronia de Cocentaina a Jimén Pérez de Corella el 1448, amb qui el senyoriu va entrar en possessió de la casa que més influència ha tingut en la seva història; encara avui els seus descendents ostenten el títol de comtes de Cocentaina.
Ja al segle XVI ens trobem a Muro convertida en la primera població de la vall, després de Cocentaina, ja que el 1520 Muro comptava amb 330 cases i uns 1.500 habitants, Turballos 40 i 160 habitants, Cela i Benàmer 12 cases cadascuna amb 50 i 25 habitants respectivament i 6 cases a L´Alqueria dels Capellans, majoritàriament moriscos, amb algun cristià que residia excepcionalment. Això, unit a no tenir una defensa sòlida, va fer que patís amb especial cruesa l’atac dels agermanats. El 1574 l’església de Muro va ser erigida a parròquia i el 1584, Jimén Pérez Rois de Corella i Mendoza, VI comte de Cocentaina, va concedir al poble de Muro el privilegi d’universitat, separada de la de Cocentaina. Analitzada la conducta dels Comtes de Cocentaina com a senyors de Muro, no es troba ni un sol fet noble que mereixi el grat record de la vila. Els Ruiz de Corella consideraven els seus estats, no com a proposats per Déu sota la seva tutela, sinó com a meres finques d’explotació a les quals calia treure el màxim rendiment possible i als seus vassalls, gairebé serfs de la gleva. Don Jimén Pérez Ruiz de Corella i de Mendoza VII comte de Cocentaina, va ser home ingrat fins i tot amb la seva pròpia mare Donya Brianda de Mendoza, filla del virrei de València, qui trobant-se necessitada de recursos i davant la indiferència del seu propi fill, va haver de demanar-los al rei Don Felipe II, qui la va afavorir amb un donatiu de 500 lliures. A l’última de les visites pastorals del Patriarca Joan de Ribera a Muro, única de la qual es conserva documentació, que va tenir lloc el 23 de juliol de 1607, la població tenia 340 cases de moriscs batejats, uns 1300 habitants. Després de l’expulsió, Muro va quedar desert i els seus llogarets despoblats, passant les possessions d’aquells a mans del comte de Cocentaina. El 26 d’abril de 1611, Francisco Rois de Corella, com a procurador de Gastó Rois de Corella, comte de Cocentaina, concedia carta pobla a 17 pobladors residents a Muro.4 Les dures i exigents condicions d’aquesta carta serien una de les causes de l’esclat de la segona germania el 1693 i que els camperols de Muro estiguessin al capdavant de la rebel·lió, un dels quals, José Navarro, va ser nomenat “General de l’Exèrcit dels Agermanats”. El 1653 va morir Donya Antonia Rois de Corella i Dávila, comtessa de Cocentaina i última senyora de la casa de Ruiz de Corella. Amb el seu fill Don Pedro va començar a regir el comtat la casa de Benavides.
El 1706 Muro adquiria el títol de vila. Durant la Guerra de Successió es va mostrar partidària de l’Arxiduc Carles. Muro va formar part de la governació de Xàtiva (del Xúquer) fins a 1707, des de llavors fins a 1833 va romandre incorporat a la governació d’Alcoi. A finals del segle XIX, Muro de l’Alcoi va absorbir en el seu terme al petit municipi de Cela de Núñez (amb 540 habitants el 1860, enfront dels 2.946 de Muro).
El topònim oficial és el de Muro de Alcoy. L’extensió “d’Alcoi” es va produir, en la reforma de la nomenclatura municipal de 1916,5 com a conseqüència de la confusió dels diferents Muro que hi ha a Espanya. Documentació de l’època mostra que el topònim va passar a anomenar-se de “l’Alcoi”, no “d’Alcoi”, perquè hi havia moltes poblacions que repetien el seu nom. El sobrenom “de l’Alcoi” feia referència al riu Alcoi o Serpis perquè s’havien d’annexar “les paraules que expressin nom de corrent d’aigua, muntanya o territori”.
L’arribada del Tren Alcoi-Gandia el 1893 i del Tren Villena-Alcoi-Yecla el 1909 va suposar una important millora de les seves comunicacions.