El 18 de septiembre de 1240, fecha anterior a la de la conquista de la zona, Jaime I de Aragón donaba la villa de Muro a un musulmán de Játiva: Çalema Hoto. Tras apoderarse del valle, muchos señores de los que formaban las huestes del Conquistador fueron favorecidos con posesiones en el lugar. En 1291, el rey Jaime II elevó a Roger de Lauria a la categoría de señor feudal del reino de Valencia con la donación de la villa de Cocentaina y sus alquerías, entre las que figuraba el lugar de Muro. El señorío fue pasando por las manos de las casas de Lauria, Jérica y de la real de Aragón. El Rey Alfonso el Magnánimo vendió la villa y baronía de Cocentaina a Jimén Pérez de Corella en 1448, con quien el señorío entró en posesión de la casa que mayor influencia ha tenido en su historia; aún hoy sus descendientes ostentan el título de condes de Cocentaina.
Ya en el siglo XVI nos encontramos a Muro convertida en la primera población del valle, tras Cocentaina, pues en 1520 Muro contaba con 330 casas y unos 1.500 habitantes, Turballos 40 y 160 habitantes, Cela y Benámer 12 casas cada una con 50 y 25 habitantes respectivamente y 6 casas en L´Alqueria dels Capellans, en su gran mayoría moriscos, con algún cristiano que residía excepcionalmente. Ello, unido a carecer de una defensa sólida, hizo que sufriera con especial crudeza el ataque de los agermanados. En 1574 la iglesia de Muro fue erigida en parroquia y en 1584, Jimén Pérez Rois de Corella y Mendoza, VI conde de Cocentaina, concedió al pueblo de Muro el privilegio de universidad, separada de la de Cocentaina. Analizada la conducta de los Condes de Cocentaina como señores de Muro, no se encuentra ni un solo hecho noble que merezca el grato recuerdo de la villa. Los Ruiz de Corella consideraban sus estados, no como propuestos por Dios bajo su tutela, sino como meras fincas de explotación a las que había que sacar el máximo rendimiento posible y a sus vasallos, casi siervos de la gleba. Don Jimén Pérez Ruiz de Corella y de Mendoza VII conde de Cocentaina, fue hombre ingrato hasta con su propia madre Doña Brianda de Mendoza, hija del virrey de Valencia, quién hallándose necesitada de recursos y ante la indiferencia de su propio hijo, tuvo que pedirlos al rey Don Felipe II, quien la favoreció con un donativo de 500 libras. En la última de las visitas pastorales del Patriarca Juan de Ribera a Muro, única de la que se conserva documentación, que tuvo lugar el 23 de julio de 1607, la población tenía 340 casas de moriscos bautizados, unos 1300 habitantes. Tras la expulsión, Muro quedó desierto y sus aldeas despobladas, pasando las posesiones de aquellos a manos del conde de Cocentaina. El 26 de abril de 1611, Francisco Rois de Corella, como procurador de Gastón Rois de Corella, conde de Cocentaina, concedía carta puebla a 17 pobladores residentes en Muro.4 Las duras y exigentes condiciones de dicha carta serían una de las causas del estallido de la segunda germanía en 1693 y de que los campesinos de Muro estuvieran al frente de la rebelión, uno de los cuales, José Navarro, fue nombrado “General del Ejército de los Agermanados”. En 1653 murió Doña Antonia Rois de Corella y Dávila, condesa de Cocentaina y última señora de la casa de Ruiz de Corella. Con su hijo Don Pedro comenzó a regir el condado la casa de Benavides.
En 1706 Muro adquiría el título de villa. Durante la Guerra de Sucesión se mostró partidaria del Archiduque Carlos. Muro formó parte de la gobernación de Játiva (del Júcar) hasta 1707, desde entonces hasta 1833 permaneció incorporado en la gobernación de Alcoy. A finales del siglo XIX, Muro del Alcoy absorbió en su término al pequeño municipio de Cela de Núñez (con 540 habitantes en 1860, frente a los 2.946 de Muro).
El topónimo oficial es el de Muro de Alcoy. La extensión “de Alcoy” se produjo, en la reforma de la nomenclatura municipal de 1916,5 como consecuencia de la confusión de los diferentes Muro que hay en España. Documentación de la época muestra que el topónimo pasó a denominarse “del Alcoy”, no “de Alcoy”, porque había muchas poblaciones que repetían su nombre. El sobrenombre “del Alcoy” hacía referencia al río Alcoy o Serpis porque se tenían que anexar “las palabras que expresen nombre de corriente de agua, de montaña o del territorio”.
La llegada del Tren Alcoy-Gandía en 1893 y del Tren Villena-Alcoy-Yecla en 1909 supuso una importante mejora de sus comunicaciones.