La Cova Beneito fue descubierta por E. Cortell en la década de los años setenta. Las campañas de excavación arqueológica ordinaria se llevaron a cabo de forma continuada desde el año 1980 hasta 1990, bajo la dirección científica de Guillermo Iturbe. Los trabajos de campo fueron retomados el año 1993 y 1994, interrumpidos por problemas de seguridad en el interior de la cueva hasta el año 1999, momento en el que el Ayuntamiento de Muro se h cargo del proyecto bajo la dirección científica de Elisa Doménech. En el año 2001 se abre un sondeo en el exterior del abrigo para comprobar la extensión real de la superficie de ocupación. Los resultados han demostrado la existencia de un área de ocupación importante. Las excavaciones y las investigaciones continúan año tras año gracias a las aportaciones de un amplio equipo interdisciplinar formado por arqueólogos, geólogos, paleontólogos y colaboradores.
Durante más de veinte años, los diversos estudios interdisciplinares han contribuido a la reconstrucción del modus vivendi del hombre de neandertal y del hombre moderno. Los diferentes taxones polínicos evidencian cambios paisajísticos en los alrededores de la cueva; los análisis zooarqueológicos muestran la existencia de zonas boscosas ocupadas por manadas de ciervos o de valles con caballos pastando.
La desaparición de los neandertales es un tema todavía debatido en el ámbito científico, en el que tienen un papel importante los resultados que se puedan obtener en la Cueva Beneito. El carácter único de su secuencia cronológica y cultural en todo el levante y sur del Estado Español convierten al yacimiento en un referente en todos los trabajos científicos y divulgativos.
La difusión de los trabajos realizados en la Cova Beneito se pueden resumir en tres ámbitos territoriales:
a) Difusión en el ámbito autonómico. Desde el año 1982, con la publicación de los resultados preliminares del sondeo interior en la revista del Laboratorio de Arqueología de la Universidad de Valencia hasta la divulgación científica de la investigación interdisciplinar en diversas revistas, congresos, coloquios, etc.
b) Difusión en el ámbito nacional. En todo el territorio del Estado Español es frecuente la cita de la Cova Beneito en artículos y monografías como un referente del tránsito del Paleolítico Medio al Superior.
c) Difusión en el ámbito internacional. A partir del año 1996, como consecuencia de la repercusión de los estudios preliminares aportados, el yacimiento empieza a interesar a los foros internacionales ( Forli – Italia, Lieja – Bélgica, etc), así como se ha contado con la visita de prestigiosos investigadores.